NGS大肠癌全基因检测若突变缺陷不宜标靶治疗

謝慧麗 Cha Fueh li - 22 March 2023

医句话：

次世代定序（NGS）检测是一项快速发展的技术，它的成本越来越低，检测结果从3周缩短至3天，而且一次检测可以查出各种基因和获知基因变化，因此病人有充分的理由进行NGS。

“癌症的诊断和治疗离不开病理学分析，有几项重点是医生给大肠癌病人汇报病情时必须提及的，尤其关乎切除后样本化验结果是重要的项目，必须列入报告。

大肠癌预后重要的组织学特征包括有病理分析信息、组织学亚型、肿瘤分级、淋巴血管渗透、大静脉侵犯、神经周围浸润、肿瘤出芽、宿主免疫反应如肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和克罗恩病样淋巴反应（CLR）。

这些重要特征当中，宿主免疫反应则是越来越重要的资讯，因为它能够带出病人是否受益于免疫治疗的讯息，与此同时也协助病理学家识别综合症的可能性。

识别对治疗有反应基因

许多分子变化发生在大肠癌中，其中大部分是往激活或失活的途径，一些不同途径则是发生在右大肠或左大肠，有的则是息肉病等遗传驱动，而我们使用次世代定序（NGS）检测是尝试和识别预测对治疗有反应的基因。

根据美国国家综合癌症网络（NCCN）所发布的癌症临床实践指南，KRAS、NRAS和BRAF突变检测是很重要的检测，除了非常初期大肠癌患者例外，其他大肠癌病人都必须接受这些检测。

其他的基因检测建议也包括微卫星不稳定性（Microsatellite Instability，MSI）、HER2突变和最新的NTRK突变检测。如今的临床实验已有新的秩序，例如第三期实验已显得不太必要，因为病人不太需要消耗太多的金钱和精力以找出肿瘤的来源，而是尝试对肿瘤进行某种分子分析，希望从中找到一个有针对该特定类型肿瘤的药物为目标。

药物依生物标记获批

科学不断在进步，如今的药物是根据生物标记而不是针对特定癌症类型获得批准的。

生物标记现已跨越用于不同的肿瘤类型，并且有针对这些肿瘤类型的疗法。

现已知的大肠癌生物标记检测有基因错配修复缺乏症（MMR）、微卫星稳定（Microsatellite Stable, MSS），转移性大肠癌（mCRC）则有RAS、BRAF、HER2、NTRK等，一些生物标记已有相关的靶向治疗。

错配修复衍异常蛋白

一些肿瘤的发生是某种突变缺陷所致，病人若有突变缺陷则不适合进行标靶治疗，因为这类肿瘤属异质性肿瘤。

MSI检测能识别有关肿瘤是否有能力修复基因缺陷，因为肿瘤生长时，DNA并非总是完美复制，有时候在复制时出现错误，当DNA无法被良好修复就会发生错配修复。

身体有机制修复并重建正常的DNA，但有时无法进行修复或修复时发生错误，即错配修复时，身体就会从中产生许多异常蛋白，因此创建了免疫治疗或可派上用场的环境。

可查上百万个基因

NGS使用的术语理应是‘深度并行测序’（deep parallel sequencing），因为我们在一次检测中查看多个基因，有时候是上百万个基因，胥视你的面板有多大。

对于大肠癌，由于技术越来越便宜和更多靶向基因可以被检测，NGS因此成为检测基因具成本效益的方式，虽不如检测肺癌般繁多，但依然是值得的。

经济有限只测单基因

若病人的经济有限，仍然可以选择只做单个基因检测，以找出KRAS、NRAS和BRAF突变，虽然便宜，但却无法探测到其他越来越重要的基因。这就是为何NGS如检测肺癌般成为大肠癌检测的选择。

NGS一次检测不但可以查出许多基因，还可以从中获知基因的变化，包括基因拷备数增加或减少，基因突变包括缺失、插入、转座等。

聚合酶连锁反应（Polymerase Chain Reaction, PCR）也是常见的检测，但PCR有检测的局限，而荧光原位杂合（Fluorescent In Situ Hybridization，FISH）只能检测异位拷贝数的增加。

RAS突变抗EGFR无效

接近50%的大肠癌患者都有RAS突变（KRAS、NRAS HRAS），当中KRAS突变更为普遍，是最常发生突变的癌基因。

在大肠癌，病人展开抗表皮生长因子受体（EGFR）的标靶治疗以前需进行RAS检测，若检测显示病人属于KRAS或NRAS突变就不能接受抗EGFR治疗。

HRAS突变的情况较罕见（1.7%），即使百分比很小，在某些情况下，治疗失败或对标靶治疗无反应，这是因为存在HRAS突变。

HRAS有点具有与KRAS或NRAS相同的阴性预测值（NPV），这类病人不是标靶治疗的良好人选。

肺癌相反有突变是“好事”

大肠癌与肺癌病人不同，肺癌病人若有上述基因突变时反而是‘好事’，可以接受标靶治疗。

大约有10%病人有BRAF突变。若有BRAF突变，通常不是RAS突变，但有时候病人是RAS野生型（Wild types），意即RAS基因没有发生突变，让人误以为这类病人适合标靶治疗，因为病人没有接受BRAF的检测，所以，我们不检测BRAF其实不知道病人是否对标靶治疗有效。RAS野生型病人或许有BRAF突变，而BRAF突变的病人同样对标靶治疗无效。

异常蛋白聚表免疫治疗可进攻

ERBB2（又称人类表皮生长因子受体2，HER2）被发现为治疗大肠癌新的靶向目标，除了NGS，也可以通过免疫组织化学（Immunohistochemistry，IHC）或FISH检测得知。

还有一种泛癌分子生物标记（Pan-cancer）检测可发现（基因）异常，但不只限于一种而是多种肿瘤。

例如MMR病人，免疫治疗适用于这类肿瘤，另有高肿瘤突变负荷（Tumor Mutation Burden, TMB）的病人，身上肿瘤拥有许多基因畸变，它导致大量异常蛋白质的形成，当这些蛋白质出现在细胞表面时，成为免疫介导杀伤的良好目标。

这些新的抗原（蛋白质）称为新生抗原（neoantigens），意即体内不曾发现的抗原，而身体的免疫系统有一种机制可以识别这种蛋白质。

新抗原如异物身体可识别

新的抗原可以说是一种‘异物’（alien），是外来物，所以身体有能力识别它是‘敌人’，并对其产生免疫反应来治疗它。根据指南，若病人检测结果有超过10种突变（每兆碱基），基本上可视为高TMB。

我们如何通过 IHC 检测到DNA的错配修复？其实，我们人体有能力修复错误DNA时，在检测影像上会展示细胞核中的正棕色信号，无论这些细胞是正常细胞还是肿瘤细胞。反之，无能力修复则棕色染色的信号就不会展现出来。

基本上显示错配修复的肿瘤可以通过免疫疗法取得治疗，这就是为何我们对这些肿瘤进行分析的原因。

替代检测不大理想

NTRK基因融合（NTRK fusion）检测是NCCN其中一项指南，而检测NTRK最佳方法是通过NGS，主要因为 NTRK基因可以与许多不同类型的断点（breakpoints）配对，我们称之为‘基因滥交’（genetic promiscuity），所以，要测出所有的配对，最好使用NGS检测。

我并不是说病人必须一直接受NGS检测，可能有其他替代的检测，但IHC并不是很理想，除非肿瘤的 IHC呈阴性，那么就是一个很好的阴性预测标记。若呈阳性，病人则必须执行其中其他的检测以确认至发现。

基本上，如果病人正在做NGS，那么所需的检测已经提前进行了，但在某些情况下，由于财务限制或资金问题，病人可能首先进行KRAS或RAS和BRAF检测。当治疗失败时，才可能需要进行NTRK检测。所以，真的是因情况不同而需要进行不同的检测。